管理科学与工程系前身是创建于1979年的南京工学院自动化研究所系统工程研究室。1987年，南京工学院成立太阳集团tyc539时，系统工程研究室进入太阳集团tyc539，并成立系统工程研究所。2000年，系统工程研究所主要人员在并入管理工程和经济信息管理专业的部分老师后成立管理科学与工程系。
经过长期的努力，本系在学科建设、科学研究、人才培养、师资队伍建设等各个方面均居太阳集团tyc539之首，并明显领先。在学科建设上，本系早在上个世纪80年代即开始招收自动控制理论及应用专业博士和硕士研究生，90年代初期开始招收系统工程专业博士和硕士研究生，90年代末期国家研究生培养专业目录调整后开始招收管理科学与工程专业博士后、博士和硕士研究生。目前本系设有管理科学与工程一级学科博士后流动站、博士点和硕士点，另设工业工程专业工程硕士培养点和信息管理与信息系统本科专业，本学科建设在江苏处于领先地位，在全国有重要影响。
本系拥有一支学术水平高、科研能力强、年富力强、德才兼备的师资队伍。在12名专任教师中，正教授8人（含博士生导师4人），副教授3人，讲师1人。从年龄和学历情况看，45岁以下教师10人，占83%，其中教授4人（含博士生导师2人），具有博士学位的教师共9人，占75%。另外，本系多数教师都主持过国家自然科学基金项目，多名教师担任本学科重要核心学术刊物的编委和全国学会理事、专家委员会专家。
在科学研究方面，近几年围绕信息管理与信息系统、现代企业管理理论与定量分析技术、金融工程、科技和创新管理、电子商务和电子政务等研究方向，承担了国家自然科学基金项目、国家社会科学基金项目、国家软科学研究计划项目、国家科技攻关计划项目、国家科技部重点项目等近30项国家以及大量省、市和企业科研项目，仅2004年科研经费就超过250万元。同时，在科学出版社、清华大学出版社等出版了近20本专著和教材，科研成果曾获国家科技进步二等奖、江苏省科技进步一等奖、中国高校科技进步一等奖、江苏省哲学社会科学优秀成果二等奖等10多项省部级奖。另外，本系还在《International Journal of Intelligent Systems》、《International Journal of General Systems》、《IEEE Transaction on Systems, Man and Cybernetics》、《European Journal of Operations Research》、《International Journal of Information Technology & Decision making》、《Fuzzy Sets and Systems》、《American Journal of Applied Sciences》、《Kybernetes-The International Journal of Systems & Cybernetics》、《管理科学学报》、《系统工程学报》等国际和国内高水平学术刊物上发表了大量的学术论文，年均发表高质量论文超过50篇。本系一直把培养高素质人才作为自己的神圣使命，加强高层次、高水平、创新型人才培养。到目前为止，培养的博士毕业生超过100人、硕士和本科毕业生超过800人，并有1篇论文获全国优秀博士论文提名奖，1篇论文被评为江苏省优秀博士论文，还有多篇被评为太阳集团tyc539优秀博士和硕士论文，本科和硕士生参加全国"挑战杯"创业大赛多次获得金奖。毕业生受到社会的广泛欢迎，一批博士毕业生已经在国内外著名大学担任教授和博士生导师，相当一批毕业生在政府部门和企业担任重要领导职务和成为经营管理骨干。
在学术交流和合作方面，本系以国际化视野和开放严谨的胸怀，广泛开展与国内外知名高校的学术交流与合作，同时积极与企业建立合作关系，为他们提供各种管理和决策咨询服务。目前已经与美国、法国、澳大利亚、日本、香港和台湾等国家和地区的大学及大量的企业建立了良好的合作关系。为进一步加快本系的发展和学术水平的提高，我系热忱欢迎有志于我国高等教育事业和管理科学研究事业的博士和教授加盟。
系 主 任：舒嘉教授、博导
系党支部书记：王文平教授、博导
系 副 主 任：黄超教授
本学科教授：仲伟俊、何建敏、达庆利、梅姝娥、胡汉辉、陈伟达、江孝感、张玉林、刘新旺、韩勇、冯勤超、侯合银、李敏、胡小平、舒嘉、林宏志等。
Department of Management Science & Engineering
The Department of management science & Engineering (DMSE) is one of the oldest Departments of Management Science & Engineering in China. The Department has two research institutes: the institute of industrial Engineering of Southeast University. The DMSE offers M.E PH.D post-doctoral programs in Management Science & Engineering.It also offers one undergraduate program: Information Management & Information System (IM&IS) .The Department Chair is Prof. Su Jia.The DMSE has an outstanding advantage in Management Information System and modern quantitative analysis technology. The DMSE has accomplished large quantities of key projects and researches including the Research on CIMS Project of Beijing No.1 Machine Tool Plant. The DMSE is also the recipient of many honors including Second Class Prize of National Advance of Science and Technology, Special-class Prize of Ministry of Mechanical Industry of Science and Technology and First-class Prize of Jiangsu Advance of Science and Technology. The DMSE has published many high-level papers in international and national academic publications and some influential monographs. The DMSE enjoys a high prestige in fostering the students’ abilities and forming its comprehensive advantages among colleagues all over the country.
